El primer videojuego de Metal Gear para MSX sigue a Solid Snake, un novato miembro de la unidad de operaciones especiales FOXHOUND. Snake es enviado por su superior Big Boss a la ficcional fortaleza deSudáfrica llamada Outer Heaven, con el objetivo de encontrar a un miembro desaparecido de su escuadrón llamado Gray Fox, e investigar un arma conocida como «Metal Gear». Sin embargo más tarde, Big Boss se revela como el líder de Outer Heaven, un lugar donde los soldados luchan libres de cualquier ideología política impuesta por los gobiernos. Big Boss lucha contra Snake y, a pesar que es derrotado, en Metal Gear 2: Solid Snake se revela que sobrevive. En esta entrega, nuevamente se enfrenta a Solid Snake, quedándose este último con la victoria. En la segunda entrega posterior de la franquicia se revelaría que el agente Gray Fox era en realidad un aliado de Big Boss y la primera entrega era en realidad un plan organizado para hacer creer al mundo que había muerto, para destruir sus "propios" planes basados en la ideología que Big Boss ha ido recolectando desde su despertar en 1984 (M.G.S: The Phantom Pain). Originalmente Big Boss planeaba eliminar el lenguaje nuclear que había tenido el mundo, el Metal Gear original era solo un símbolo de una guerra vacía. Prácticamente se mató a sí mismo para servir de ejemplo al mundo. Metal Gear Solid profundiza en la historia de los juegos anteriores y revela que Solid Snake es un clon genético de Big Boss, creado como parte de un proyecto secreto del gobierno llamado Les Enfants Terribles. Un nuevo antagonista aparece llamado Liquid Snake, hermano gemelo de Solid Snake, que toma el control de FOXHOUND después del retiro de este último. Liquid junto a FOXHOUND toman el control de una instalación de almacenamiento de armas nucleares en Alaska y comandan REX, la nueva plataforma de armas «Metal Gear» de próxima generación que se está probando en el lugar. Ellos amenazan con detonar una cabeza nuclear de REX a menos que el gobierno de los Estados Unidos entregue los restos de Big Boss. Solid Snake destruye el «Metal Gear REX» y mata a cada uno de los renegados miembros de FOXHOUND, con excepción de Revolver Ocelot.

Un enigmático personaje, conocido como George Sears, es presentado como el presidente de los Estados Unidos al final de Metal Gear Solid y sirve como el principal antagonista de Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, revelado como Solidus Snake, un tercer hermano de Solid. Durante su tiempo como presidente, Solidus conoció la existencia de una secta secreta conocida como Los Patriots, que manipulaba constantemente el curso de la historia humana. Después de que su mandato como presidente terminó, Solidus toma el control del Big Shell, una instalación en alta mar que está siendo utilizada para desarrollar el «Arsenal Gear», una fortaleza submarina móvil diseñada para influir en el desarrollo humano mediante el filtrado de la disponibilidad de información a través del internet. El juego se desarrolla varios años después de la muerte de Liquid en Metal Gear Solid, y pone al jugador en control de Raiden, un soldado que lucha contra Solidus.¹⁴ Raiden se alía con Solid, y más tarde se entera de que todos ellos están siendo manipulados por Revolver Ocelot, que ha estado trabajando para Los Patriots. Al final del juego, Ocelot es poseído aparentemente por el espíritu de Liquid Snake.

Bigg Boss

Metal Gear Solid 3: Snake Eater, que es cronológicamente el primer juego de la serie, presenta una versión más joven de Big Boss, cuando estaba bajo el nombre en clave de Naked Snake, durante la Guerra Fría.¹⁵ El juego se centra en la evolución de este último, de aprendiz a soldado legendario, así como la caída de su mentora y figura matriarcal, The Boss. Luego de una supuesta deserción de esta última hacia la Unión Soviética, y para evitar un lanzamiento nuclear hacia los Estados Unidos, Naked Snake es enviado a Rusia para matar a The Boss y terminar con la amenaza planeada por Yevgeny Borisovitch Volgin, un coronel del Departamento Central de Inteligencia, con planes de derrocar al gobierno soviético. Los orígenes de «Metal Gear», Los Patriots, y la unidad FOXHOUND, se exploran en el juego.

La secuela directa de Metal Gear Solid 3: Snake Eater fue Metal Gear Solid: Portable Ops. Esta entrega sigue la vida de Naked Snake después de la disolución de FOX. Sin aceptar aún el nombre en clave de Big Boss, la trama cuenta los orígenes de su unidad mercenaria en el intento de escapar de la Península de San Jerónimo y la lucha contra su antigua unidad.¹⁶

Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots cuenta como protagonista a un avejentado Solid Snake (ahora llamado Old Snake) que continua en su búsqueda para encontrar y derrotar a Revolver Ocelot, ahora conocido como Liquid Ocelot. A pesar de la destrucción del Arsenal Gear en Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, Los Patriots han continuado en sus planes para influir en el curso de la historia humana, instalando sistemas de inteligencia artificial en todo el mundo. Ocelot, frente a esto, ha reunido a un ejército suficiente con los que luchar, teniendo la intención de apropiarse de todo el sistema operativo para sus propios fines. El objetivo de Solid Snake después cambia a la destrucción de las inteligencias artificiales de Los Patriots y detener su opresión. Después de que él y sus aliados tienen éxito, Solid Snake decide vivir lo que queda de su vida en paz.

El siguiente título, Metal Gear Solid: Peace Walker, se establece diez años después de los acontecimientos de Snake Eater, y vuelve a la historia del joven Big Boss. Este último, es la cabeza de la corporación mercenaria MSF (Militaires Sans Frontières). Boss descubre que las cabezas nucleares están siendo transportadas a América Latina y debe ponerle fin a las mismas. Peace Walker cuenta con un nuevo elenco de personajes para proporcionarle ayuda e inteligencia militar a Big Boss. Pocos personajes de juegos anteriores aparecen, como un joven McDonnell Benedict Miller y la espía del gobierno chino Eva.

Metal Gear Rising: Revengeance se establece en un futuro cercano, cuatro años después de Guns of the Patriots. El protagonista vuelve a ser Raiden, esta vez, como un cyborg ninja mercenario. Raiden se une a una empresa militar privada llamada, Maverick Security Consulting, y se encarga de la defensa del presidente de un país africano no especificado. Sin embargo, la situación va por mal camino y este es asesinado por una empresa rival llamada Desperado Enforcement LLC. Raiden es derrotado en batalla, pero decide volver a vengar a su fracaso y es enviado con un nuevo traje cyborg para luchar contra el misterioso grupo militar.

El próximo trabajo de la saga, Metal Gear Solid V: The Phantom Pain, es una secuela directa de Peace Walker y se compone de dos capítulos, de manera similar a Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, donde la historia estaba dividida en dos capítulos, Tanker y Plant. El prólogo se establece un par de semanas después de la última misión en Peace Walker, con Big Boss frente a frente contra Cipher (Zero). Boss se encarga de rescatar a antiguos personajes, como Paz Ortega Andrade y Chico. En algún punto de la historia, la base madre de la Militaires Sans Frontieres es atacada por una organización disidente misteriosa, la XOF. Big Boss cae en coma durante nueve años, lo que lleva a los acontecimientos del capítulo principal. La base de la historia principal gira en torno a Big Boss formando una nueva unidad de élite de soldados, los Diamond Dogs.